Zwolniony, powrócił do kraju.
Służba po wojnie 22 stycznia 1815 roku. otrzymał przydział w stopniu majora do Kwatermistrzostwa Generalnego Wojska Polskiego. Przeprowadził wraz z kapitanem Franciszkiem Valentinem d’Hauterive rozpoznanie granicy pruskiej od Warty do Śląska. Awansował na podpułkownika, a w 1820 roku na pułkownika. W pierwszych latach istnienia Kwatermistrzostwa poszczególni oficerowie z braku stałego zatrudnienia przydzieleni byli do sztabów dywizji.
W latach 1816–1817 Pełczyński został odkomenderowany do sztabu 2 dywizji piechoty. Jako oficer Kwatermistrzostwa brał udział w pracach topograficznych. W roku 1819 na żądanie władz rosyjskich, Kwatermistrzostwo zajmowało się zbieraniem materiałów do dokładnego wykreślenia mapy Królestwa Polskiego, województw i obwodów na arkuszach nowego wydania mapy Semitopograficzeskaja karta inostrannych władienij po zapadnoj granice Rossijskoj Imperii... (skala 1:252 000) Po wykonaniu tych prac Pełczyński otrzymał Order św. Włodzimierza czwartej klasy. Z powodu złego stanu zdrowia, 30 stycznia 1830 otrzymał na własną prośbę dymisję w stopniu generała brygady.