Korespondował ze Stefanem Żeromskim, który potem przedstawił go jako Przełęckiego w dramacie Uciekła mi przepióreczka.
W latach 1923–1928 był jednym z dyrektorów Towarzystwa Urządzeń Szkolnych i Laboratoryjnych „Urania” w Warszawie. Jednocześnie wykładał naukę o Polsce współczesnej na Wyższych Kursach Nauczycielskich, których kierownictwo objął w 1927. W latach 1928–1939 pracował w Ministerstwie Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego jako radca, był m.in. dyrektorem biblioteki tego Ministerstwa.
12 stycznia 1941 został aresztowany przez gestapo i po krótkim pobycie na Pawiaku wywieziony do obozu koncentracyjnego Auschwitz-Birkenau (więzień nr P9861), gdzie został zamordowany 22 marca 1942. Symboliczny grób znajduje się na Cmentarzu Katedralnym w Sandomierzu.
Pozostawił po sobie wiele publikacjiWersje cyfrowe publikacji Aleksandra Patkowskiego w serwisie Polona.pl. Do najważniejszych należą: książka Sandomierskie. Góry Świętokrzyskie (1938), praca Pamiętnik Świętokrzyski, publikacja Ruch regionalistyczny w Europie.
Upamiętnienie W 1990 powstał film dokumentalny pt. Aleksander Kazimierz Patkowski (1890–1942) – Twórca regionalizmu polskiego, w reżyserii Grzegorza Dybowskiego.
Od 1998 przyznawana jest Nagroda Bonum Publicum – Nagroda Miasta Sandomierza im.