Chciałam umrzeć z rozpaczy. Arcyksiężna nie posiadała zbyt dużego uroku osobistego, ani gustu w ubiorach. Uważana była za osobę chłodną oraz wyniosłą, a także niezgrabną i nieatrakcyjną. Nie potrafiła dostosować się do realiów wiedeńskiego dworu, gdzie szybko stała się obiektem drwin, zarówno ze strony dworzan, jak i teściowej.
Księżniczka Stefania i arcyksiążę Rudolf doczekali się tylko jednej córki Elżbiety Marii, urodzonej 2 września 1883 roku. Stefania nie mogła już mieć więcej potomstwa z powodu rzeżączki, którą zaraziła się od męża. Arcyksiężna była zakochana w Arturze Potockim.
Sześć lat później Rudolf popełnił samobójstwo (według oficjalnej wersji, odebrał sobie życie, nie mogąc zerwać romansu z kochanką Marią Vetserą, jednak okoliczności śmierci do dzisiaj pozostają zagadką). Po tym wydarzeniu Stefania stała się w Wiedniu bardzo niepopularna. Rodzina cesarska, szczególnie cesarzowa, uważała, że ponosi ona winę za śmierć arcyksięcia.
22 marca 1900 roku, w Miramare, księżna poślubiła węgierskiego hrabiego Eleméra Lónyaia, z którym zamieszkała w zamku w Oroszvar (obecnie