Obecny kościół wybudowany został w połowie XVIII wieku. Data na belce stropowej zakrystii wskazuje na rok 1753, co potwierdzają badania dendrochronologiczne przeprowadzone w 2013 roku. Na podstawie pobranych próbek autor badań Aleksander Konieczny stwierdził, że kościół w Bełku wybudowany został w latach 1753-1756 i przetrwał do naszych czasów bez późniejszych istotnych przeróbek, co czyni go „zabytkiem wyjątkowo jednorodnym”. Kościół uzyskał nowe wezwanie - św. Marii Magdaleny.
Kościół św. Marii Magdaleny był kościołem parafialnym do 2007, kiedy to oddano do użytku nowo wybudowany kościół św. Jana Sarkandra. Wówczas świątynia została wyłączona z użytkowania. W 2008 rozważano przeniesienie kościoła do Wodzisławia Śląskiego (do dzielnicy Wilchwy), ale zaprotestowała część mieszkańców Bełku. Ostatecznie w 2009 Śląski Wojewódzki Konserwator Zabytków wydał decyzję o pozostawieniu kościoła w Bełku.
W latach 2012-2016 przeprowadzono kompleksowy remont konstrukcji kościoła w tym wykonano m.in: remont konstrukcji wieży, wymianę części podwalin, naprawę fundamentów, remont więźby dachowej, wymianę gontów i oszalowania, remont konstrukcji przydaszków, konserwację stolarki drzwiowej, wykonanie nowych instalacji.