W ramach organizacji armii (wrzesień – październik 1942 r.) rozformowano Dowództwo II KS, zalążki kadrowe 4 Dywizji Strzelców i 3 Brygadę Strzelców Karpackich. Nadwyżki 3 DSK włączono do 5 Dywizji Strzelców. Ponadto rozformowano 8, 9 i 10 DP, a pozostałe jednostki PSZ w ZSRR przeformowano na etaty brytyjskie. 6 Dywizję Piechoty przeformowano w 6 Samodzielną Brygadę Strzelców, a specjalny batalion piechoty „Dzieci Lwowskich” 6 DP przekształcono w 6 Batalion Czołgów i włączono w skład 2 BCz. Obie brygady połączono w 6 Dywizję Strzelców. Sformowano tzw. Artylerię Ciężką Armii w składzie dwóch pułków. Poza artylerią ciężką, w bezpośrednim podporządkowaniu dowódcy artylerii armii pozostawały dwa pułki artylerii lekkiej i dwa pułki artylerii przeciwlotniczej (ciężki i lekki) oraz pułk artylerii przeciwpancernej i pułk pomiarów artylerii.
Pewnym problemem były masowe dezercje żołnierzy polskich wyznania mojżeszowego. W okresie od września 1941 do maja 1944 zdezerterowało 2972 żołnierzy – Żydów.