W 1695 odbył dwie podróże studialne do Holandii i Francji, a rok później wyjechał do Włoch, gdzie zapoznał się z dziełami Michała Anioła, Berniniego i Borrominiego.
2 listopada 1699 został kierownikiem budowy zamku berlińskiego, a w 1704 objął stanowisko Oberbaudirektor – nadzorował prace nad przebudową zamku królewskiego w Berlinie i sporządził plany pałaców w Charlottenburgu i Poczdamie. Zwolniony ze stanowiska kierownika budowy zamku pod koniec 1706 w związku z aferą budowlaną przy wznoszeniu stumetrowej wieży, która musiała zostać rozebrana z powodu błędów konstrukcyjnych. W 1707, po obsunięciu się ziemi przy pałacu Freienwalde (niem. Schloß Freienwalde) stracił również stanowisko Oberbaudirektora. Po utracie pracy Schlüter przeszedł kryzys twórczy i załamanie nerwowe. Dopiero w 1710 powrócił do architektury, projektując na zlecenia prywatne.
1 maja 1713 wstąpił do służby cara Rosji Piotra I Wielkiego i rozpoczął prace m.in. nad Pałacem Letnim. Współpracował z Johannem Friedrichem Braunsteinem i Georgiem Johannem Mattarnovi, którzy kończyli lub rozwijali projekty Schlütera. Zmarł pod koniec maja 1714 w Petersburgu i został pochowany na cmentarzu przy cerkwi św. Sampsona w Dzielnicy Wyborskiej.