W okresie okupacji hitlerowskiej siedmiu zakonników z przasnyskiego konwentu zostało wywiezionych do niemieckiego obozu koncentracyjnego Soldau (KL) w Działdowie i tam zamordowanych. Niemcy zamienili kościół na spichlerz, a budynki klasztorne na szpital i więzienie. Rozebrali też zabytkowe ogrodzenie z XVIII w. i kapliczkę-rotundę św. Wawrzyńca z 1615.
Po wojnie kościół był wielokrotnie remontowany. 26 września 1982 stał się ośrodkiem parafii pw. św. Stanisława Kostki.
Architektura Kościół św. św. Anny i Jakuba powtarza układ macierzystej świątyni w Bydgoszczy z lat 1545–1552. Nawa jest czteroprzęsłowa, z prostokątną kaplicą od południa, prezbiterium nieco węższe, dwuprzęsłowe, zamknięte trójbocznie. Od strony północnej kościoła, przy styku nawy z prezbiterium, wznosi się 32-metrowa, czworoboczna wieża. Jej budowę ukończono w 1635. Ściany kościoła są oskarpowane, a duże okna zamknięte ostrołukowo. We wschodniej ścianie prezbiterium znajduje się ostrołukowa wnęka i okno koliste, w elewacji południowej kaplicy – duża, kolista, otynkowana blenda. Piękne są gotyckie szczyty nawy i kaplicy ze sterczynami i wimpergami o kolistych przeźroczach. Ok. 1637 r. wystawiono przed fasadą kościoła niską kruchtę, wysuniętą ku południowi oraz pomieszczenie między kruchtą i kaplicą, z wejściem na kolistą wieżyczkę schodkową.