Jako minister finansów i premier inicjował reformy prowadzące do przekształcenia socjalistycznej gospodarki centralnie planowej w gospodarkę rynkową; jednym z istotnych elementów tego procesu stała się tzw. prywatyzacja kuponowa. Przeprowadzone zmiany przyczyniły się do zahamowania recesji, spadku od 1992 inflacji i stopniowego wzrostu PKB.
W wyborach w 1996 uzyskał mandat deputowanego do Izby Poselskiej. Wspierająca go dotąd koalicja nie uzyskała jednak większości w tej izbie (99 na 200 mandatów). Lider ODS pozostał premierem dzięki porozumieniu zawartemu z opozycyjną Czeską Partią Socjaldemokratyczną. Pogarszająca się sytuacja gospodarcza wymusiła cięcia budżetowa. Pojawiły się też niejasności co do finansowania ODS. W listopadzie 1997, po sporach w ramach koalicji, Václav Klaus podał się do dymisji. W styczniu 1998 powstał nowy techniczny gabinet, na czele którego stanął Josef Tošovský.