Duchowny skierował go do monasteru w Supraślu jako posłusznika, pod opiekę jego przełożonego Mirona (Chodakowskiego).
Równocześnie ze wstąpieniem do monasteru Mariusz Pańkowski rozpoczął naukę w Prawosławnym Seminarium Duchownym w Warszawie, które ukończył z wyróżnieniem w 1993, zdając równocześnie egzamin dojrzałościJ. Charkiewicz, Biskup Siemiatycki Jerzy (Pańkowski) nowym Biskupem Wojskowym Prawosławnego Ordynariatu Wojska Polskiego, „Wiadomości Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego”, nr 7–8 (248–249), , s.3. 17 grudnia 1993 przyjął postrzyżyny zakonne w riasofor. Pracował jako nauczyciel religii prawosławnej w przedszkolu w Supraślu.
W 1993 rozpoczął w trybie zaocznym studia teologiczne w Chrześcijańskiej Akademii Teologicznej. Następnie został skierowany do kontynuowania nauki na Wydziale Teologii Narodowego Uniwersytetu Ateńskiego. Przed podjęciem studiów przebywał rok w monasterze Paraklet w pobliżu Aten.