Ponieważ Benedek – w przeciwieństwie do innych generałów austriackich – z powodzeniem walczył w wojnie francusko-austriackiej, 30 stycznia 1860 został mianowany szefem sztabu generalnego, 19 kwietnia cywilnym i wojskowym gubernatorem Węgier, a już 20 października głównodowodzącym oddziałów austriackich w Wenecji i krajach alpejskich. 18 kwietnia 1861 został dożywotnim członkiem austriackiej Izby Panów.
Wojna prusko-austriacka U zarania konfliktu, von Benedek został mianowany głównodowodzącym Armii Północnej, które to stanowisko odrzucił wcześniej trzykrotnie, twierdząc, iż nie posiada dostatecznego rozeznania terenu ani przeciwnika. Porażka w bitwie pod Sadową, która w konsekwencji zakończyła przegraną całą wojnę, doprowadziła do złożenia Benedeka ze stanowiska (26 lipca 1866) oraz procesu wojskowego, zakończonego dopiero po wstawiennictwie cesarza. Von Benedekowi zakazano poruszania tego tematu, co pozostawiło go bezbronnym wobec gazet, zarzucających mu całkowitą odpowiedzialność za klęskę Austrii. Bardzo upokorzony atakiem „Wiener Zeitung” powrócił do Grazu, gdzie żył w odosobnieniu i gdzie zmarł 27 kwietnia 1881. 150px|thumb|Ludwik von Benedek ok.