Jezioro jest dość zasobne w związki fosforu, stężenie fosforów w warstwie naddennej przekraczać może wartości dopuszczalne, a stężenie fosforu ogólnego waha się w granicach II-III klasy czystości.
Jezioro posiada siedem dopływających z różnych stron rowów (z rejonu ”Głazowiska”, Fuledy, Doby, z jeziora Dziewiszewskiego, dopływy do zatoki Pilwa). Wszystkie cieki posiadały niewielkie przepływy chwilowe wody.
Wyspy na Jeziorze Dobskim Wysoki Ostrów (Wyspa Kormoranów) stanowiąca miejsce lęgowe kormorana i czapli; Wyspa Gilma kryjąca kiedyś w swoich granicach grodzisko Galindów i święty gaj, miejsce gdzie przeprowadzano pogańskie rytuały i oddawano cześć bogom (gdy Krzyżacy zajęli Prusy, na ruinach grodziska wznieśli niewielki zamek); Lipka Ilmy Wielkie Wyspa Heleny i kilka bezimiennych wysepek.
Ochrona przyrody thumb|400px|Wysepki na Jeziorze Dobskim Jezioro stanowi rezerwat faunistyczno-krajobrazowy utworzony w 1976 w celu ochrony jeziora Dobskiego wraz ze znajdującymi się na nim wyspami – miejscami lęgowymi ptactwa wodnego.
W północnej części półwyspu wrzynającego się pomiędzy Jezioro Dobskie i jezioro Kisajno znajduje się rezerwat „Głazowisko Fuledzki Róg”.