Pozostał jednak w stołecznej drużynie – objął stanowisko trenera odpowiedzialnego za analizę gry pierwszej drużyny oraz zespołu Młodej Ekstraklasy. Sezon 2011/2012 Od 1 lipca 2011 roku zastąpił Libora Palę na stanowisku szkoleniowca drużyny Młodej Ekstraklasy klubu Polonia Warszawa. Sezon 2012/2013
Sezon 2012/2013 okazał się przełomowym w trenerskiej karierze Stokowca. Kiedy, w lipcu 2012 roku, Polonię kupił śląski biznesmen Ireneusz Król, postanowił, że Stokowiec zostanie trenerem pierwszego zespołu Czarnych Koszul. Pracował on w bardzo trudnych warunkach, ponieważ pojawiły się wielomiesięczne zaległości w wypłatach dla piłkarzy i sztabu szkoleniowego. Mimo to, po rundzie jesiennej zespół zajmował trzecią lokatę w Ekstraklasie. W czasie przerwy zimowej, część zawodników z podstawowej jedenastki opuściła zgrupowanie w Turcji, część odeszła również do innych klubów. Sztab Stokowca nie zamierzał jednak zrezygnować z pracy, braki kadrowe próbował niwelować poprzez wdrożenie nowego systemu gry z trójką środkowych obrońców oraz włączenie do zespołu młodych zawodników z akademii. Drużyna zaskoczyła ekspertów mocnym wejściem w rundę wiosenną, ale potem zanotowała serię remisów i porażek (choć w jej czasie tylko mecz z Jagiellonią Białystok został przegrany różnicą większą niż jednej bramki).