Do zakończenia działalności przez zakłady przemysłowe na Targówku Fabrycznym i zaprzestania hodowli trzody w PGR Bródno kanał odbierał ścieki przemysłowe i gnojowicę. Później jego stan sanitarny znacznie się poprawił, a w wodach pojawiły się ryby i zwierzęta typowe dla rzek nizinnych.
Kanał Bródnowski (Górny) nie posiada żadnych naturalnych dopływów, a jedynie zasilany jest w wodę przez kanały odwadniające, z których do największych zalicza się Kanał Ząbkowski (Znany też jako Rów Ząbkowski), Kanał Zaciszański (Kanał Zacisze, Struga Zacisze), Kanał Drewnowski (Rów Drewnowskiego) i Kanał Lewandów. W dolnym biegu na terenie dzielnicy Białołęka Kanał płynie korytem, które zostało zmienione podczas budowy Kanału Żerańskiego. Uchodzi do niego na wysokości mostu drogowego w osiedlu Brzeziny. Ślady po dawnym korycie są wyraźnie widoczne w rejonie ulic Białołęckiej i Zdziarskiej (zasypany most drogowy). Prowadzone są prace nad rewitalizacją Kanału Bródnowskiego wraz z Zaciszańskim i Drewnowskim na terenie gminy Targówek.