W Hiszpanii został poddany osądowi Rady Indii i wysłany do ojca Pedro de Bobadilla, w prowincji Kastylii. Tam inny duchowny inkwizytor Pedro de Guzman poddał weryfikacji poczynania Landy w Meksyku. Rozprawa zakończyła się po myśli franciszkanina i po zatwierdzeniu wyroku przez Radę Indii został on oczyszczony z zarzutów i rozgrzeszony.
W 1573 roku, w październiku, Diego de Landa powrócił do Meksyku na Jukatan, gdzie został biskupem Jukatanu. Jak mówią relacje, był witany przez tłumy Indian, dla których był dobroczyńcą i prześladowcą. Landa umarł w Mérida, 29 kwietnia 1579, w wieku 54 lat. Jego ciało zostało pochowane w miejscowym kościele San Francisco, a jego kości zostały przewiezione do grobowca jego ojców we wsi Cifuentes, w Hiszpanii. Jego pomnik stoi na placu Izamal, gdzie on był przeorem i opiekunem.