Geografia Czajków Południowy leży na wzniesieniach na południowym brzegu rzeki Kacanki. Na jej północnym brzegu znajduje się Czajków Północny. Region leży na pograniczu dwóch mikroregionów: Niecki Nidziańskiej i Wyżyny Sandomierskiej.
Miejscowość znajduje się na odnowionej trasie Małopolskiej Drogi św. Jakuba z Sandomierza do Tyńca, która to jest odzwierciedleniem dawnej średniowiecznej drogi do Santiago de Compostela.
Historia Czajków Południowy i Północny wzmiankowane są w Słowniku geograficznym Królestwa Polskiego jako jedna miejscowość Czajków. Była wówczas, w XIX wieku, wsią rządową, położoną w powiecie sandomierskim, gminie Wiśniowa, należącą do parafii w Wiązownicy. W 1827 roku liczyła 90 domów i 491 mieszkańców, zaś w 1880 roku 638 mieszkańców i 1663 mórg ziemi włościańskiej.
W czasie okupacji niemieckiej w latach 1939–1945 Czajków należał do dystryktu radomskiego Generalnego Gubernatorstwa.