Ponieważ jego pogląd nie zyskał poparcia w marcu 1859 zrezygnował z członkostwa w Centralizacji i wszedł do komitetu Seweryna Elżanowskiego.
W latach 1859–1863 mieszkał pod nazwiskiem Fortunat Melko w Mihăileni (obecnie w Rejonie Rîșcani w Mołdawii). Stworzył tam ośrodek prac konspiracyjnych, pośrednicząc pomiędzy Paryżem a konspiracją kijowską, a także zostając w 1862 z ramienia warszawskiego Komitetu Centralnego Narodowego naczelnikiem wojskowym na Ukrainę. Po przedwczesnym wybuchu powstania zrezygnował pod naciskiem „białych” z tej funkcji na rzecz gen. Józefa Wysockiego, który mianował go naczelnikiem sił zbrojnych na Podolu. Ponieważ jednak powstanie na tym terenie nie wybuchło, mianowany pułkownikiem zorganizował w Tulczy na terenie Turcji oddział wojskowy. Wraz z nim wkroczył do Rumunii, gdzie w bitwie pod Kostangalią rozbił kilkakrotnie silniejszy oddział rumuński. Jednak nie udało mu się przedostać na Podole i ostatecznie złożył broń przed Rumunami. Wydalony z tego kraju, znalazł się we Lwowie, skąd w lutym 1864 wysłano go na placówkę w do Belgradu. W stolicy Serbii mieszkał w latach 1864–1866 w trudnych warunkach materialnych.