4 stycznia 1980 zastąpił Muhammada Mahmuda uld Luliego na stanowisku szefa państwa, pozostając jednocześnie premierem do grudnia 1980. Objął funkcję przewodniczącego Wojskowego Komitetu Zbawienia Narodowego (CMSN).
16 marca 1981 w kraju miał miejsce nieudany zamach stanu przeciw władzy Hajdalli. Hajdalla o jego przygotowanie oskarżył Maroko, które jednak zaprzeczyło wszelkim oskarżeniom. W marcu 1984 po raz drugi objął funkcję szefa rządu po tym, jak ze stanowiska został usunięty Maawija uld Sid’Ahmad Taja.
W czasie jego rządów w Mauretanii zakończyła się oficjalnie epoka niewolnictwa. W lipcu 1980 Hajdalla ogłosił zniesienie niewolnictwa, a w listopadzie 1981 wydał stosowny dekret w tej sprawie. W latach 1980–1983 w kraju obowiązywało prawo szariatu.
W polityce zagranicznej jego głównym osiągnięciem było zakończenie wojny z Frontem Polisario na północy kraju. Hajdalla wycofał wojska z południowego Rio de Oro i uznał Polisario za reprezentanta ludności Sahrawi. Doprowadziło to do zaognienia stosunków z Marokiem. Z drugiej strony poprawie uległy stosunki z Algierią, popierającą niepodległość Sahary Zachodniej. W 1984 rząd Hajdalli uznał niepodległość Sahary Zachodniej.