Podjęcie tych studiów uniemożliwił Eborowiczowi wybuch II wojny światowej.
Wysiedlony w 1939 przez Niemców do Warszawy, znalazł posadę w Dziale Propagandy Zarządu Głównego Polskiego Czerwonego Krzyża, co pozwoliło mu uniknąć wywiezienia na roboty przymusowe. Przygotowywał się do przyjęcia święceń kapłańskich, studiując w latach 1940-1941 w seminarium pallotynów w Ołtarzewie, 1941-1942 w seminarium w Sandomierzu, 1942-1944 w seminarium jezuitów w Warszawie. W czasie powstania warszawskiego organizował wieczory modlitewne. Po upadku powstania osiadł z matką ponownie w Ołtarzewie, potem wyjechał do Poznania, wreszcie do Gniezna, gdzie 22 grudnia 1945 przyjął z rąk kardynała Hlonda święcenia kapłańskie. W 1947 uzyskał magisterium teologii na Uniwersytecie Jagiellońskim (praca Kontemplacja ekstatyczna u Plotyna), a także magisterium filozofii na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim (praca Konstanty Michalski jako filozof). W marcu 1950 obronił pracę doktorską Nauka Plotyna o kontemplacji, przygotowaną pod kierunkiem ks. prof. Józefa Pastuszki.