Latem 1987 Jurij Małyszew oraz Aleksandr Borodin rozpoczęli szkolenie w jednej z rezerwowych załóg do misji Sojuza TM-6. 1988 – 20 lipca, z uwagi na stan zdrowia, został odwołany z oddziału kosmonautów i objął funkcję naczelnika w Centrum Wyszkolenia Kosmonautów im. J. Gagarina.
Loty załogowe „Sojuz T-2” Swój pierwszy lot kosmiczny rozpoczął z kosmodromu Bajkonur 5 czerwca 1980. Był dowódcą pierwszej załogowej misji zmodyfikowanego statku kosmicznego Sojuz T-2. Funkcję inżyniera pokładowego pełnił Władimir Aksionow. Lot miał na celu potwierdzenie skuteczności zastosowanych rozwiązań technicznych. Podczas tej krótkiej wyprawy kosmonauci przycumowali do zespołu orbitalnego Salut 6–Sojuz 36, na pokładzie którego znajdowała się czwarta stała załoga – Leonid Popow i Walerij Riumin. Po trzech dniach wspólnych prac statek Sojuz T-2 odcumował od stacji orbitalnej i powrócił na Ziemię, lądując w odległości ok. 200 km od Żezkazganu.