Portugalsko-brazylijskie siły zdołały jednak jedynie zaanektować wschodni brzeg rzeki – prowincję Cisplatinę (późniejszy Urugwaj).
W 1807 Portugalia żyła pogrążona w absolutyzmie, a wojska Napoleona przyniosły ze sobą zdobycze rewolucji francuskiej. W 1820 w Porto wybuchła rewolucja liberalna. Jej zasięg rozszerzyły Kortezy, które też w 1821 uchwaliły pierwszą w Portugalii konstytucję. W 1812 podobne rzeczy miały miejsce w rodzinnej Hiszpanii Karoliny Joachimy. Karolina Joachima miała konserwatywne poglądy, a jej mąż nie chciał łamać danego słowa i odwołać konstytucji. W 1821 portugalska rodzina królewska wróciła do Portugalii, po 14 latach nieobecności. Karolina Joachima odkryła, że kraj bardzo się zmienił. Sprzymierzyła się ze swoim młodszym synem, Miguelem, który podzielał jej poglądy. W 1824 ona i Miguel, który był dowódcą wojska, przejęli władzę, króla uwięzili w pałacu i chcieli zmusić do abdykacji na rzecz Miguela. Jan otrzymał pomoc brytyjską i odzyskał władzę. Zmusił też żonę i Miguela do opuszczenia kraju.
Krótko przed swoją śmiercią Jan nominował na przyszłą regentkę czwartą córkę – infantkę Izabelę Marię, mimo że funkcja regentki była tradycyjnie zarezerwowana dla królowej-wdowy.