Warszawa 2012, s. 9–11.. W 1961 ukończył VI Liceum Ogólnokształcące im. Tadeusza Reytana w Warszawie. Po szkole średniej rozpoczął studia na Wydziale Filozofii Uniwersytetu Warszawskiego. W latach 1964–1966 przerwał je i przebywał w nowicjacie w klasztorze benedyktynów w Tyńcu. Przed przyjęciem habitu zakonnego opuścił zakon i powrócił na studia. Ukończył je w 1969 w Instytucie Nauk Społecznych Uniwersytetu Warszawskiego z tytułem magistra socjologii. Promotorem jego pracy magisterskiej był profesor Adam Podgórecki.
W 1970 wstąpił do Wyższego Metropolitalnego Seminarium Duchownego w Warszawie. W czasie formacji kleryckiej zajmował się pracą naukową. Publikował opracowania z zakresu socjologii na temat subkultur młodzieżowych oraz nieletnich i młodocianych zamkniętych w zakładach wychowawczych, poprawczych i karnychStanisław Małkowski, Drugie życie wśród nieletnich i młodocianych w zamkniętych zakładach wychowawczych, poprawczych i karnych. Warszawa 1973.Grypsera jako podkultura młodzieżowa. Więź 7–8 (207) / 1975..