Oskarżony został o planowanie zamachu stanu i w latach 1989–1991 przebywał w więzieniu. We wrześniu 1991 został uniewinniony i uwolniony z więzienia 1 grudnia 1991. Po zwolnieniu wyjechał jako uchodźca do Francji i przebywał tam przez prawie dwa lata.
Prezydent André Kolingba pod naciskiem państw europejskich i USA oraz na fali zmian demokratycznych na świecie, przeprowadził w Republice Środkowoafrykańskiej reformy polityczne i zezwolił na pluralizm polityczny. We wrześniu 1993 odbyły się w kraju demokratyczne wybory prezydenckie. Wziął w nich również udział François Bozizé jako kandydat niezależny. Uzyskał jednak tylko 1,5% głosów. Wybory w drugiej turze wygrał Ange-Félix Patassé. Bozizé był wówczas uważany za jednego z jego głównych zwolenników. Pomógł mu m.in. stłumić bunt wojskowych w 1996 i w 1997. Zajmował również stanowisku szefa sztabu sił zbrojnych.