Pomysłodawcą powstania instytucji kierującej jednostkami wojskowymi prowadzącymi walkę poprzez działania specjalne, dowodzącej żołnierzami tej specjalności wojskowej był gen. dyw. Jan Kempara żołnierz m.in. JW 4101 (w tym czasie 1 Batalion Szturmowy) i Zarządu Rozpoznania i Walki Radio-Elektronicznej Sztabu Generalnego Wojska Polskiego (obecnie Zarząd Analiz Wywiadowczych i Rozpoznawczych P-2 SG WP).
Dowództwo Wojsk Specjalnych powołano Decyzją Ministra Obrony Narodowej w dniu 1 stycznia 2007 a usankcjonowano ustawowo 24 maja 2007 roku. Dowództwo sformowano głównie w oparciu o personel (ujęty w etacie w tym samym czasie podlegającemu rozformowaniu) Szefostwa Działań Specjalnych (będącego częścią struktury Sztabu Generalnego Wojska Polskiego) oraz oficerów dowództw, sztabów jednostek wojskowych przeznaczonych do walki specjalnej.
Siedziba Dowództwa WS znajdowała się w Garnizonie Kraków w Krakowie – Pychowicach. Dowódca Wojsk Specjalnych podlega bezpośrednio Szefowi Sztabu Generalnego Wojska Polskiego. DWS w nazewnictwie NATO jest nazwane POLSOCOM.
Dowództwo podpisało umowy dwustronne z UJ i AON o szkoleniu kadr i współpracy dydaktyczno-badawczej.