Polskich opracowań o Czajczu, poza niewielkimi wzmiankami przy okazji omawiania handlu morskiego Koszalina, praktycznie brak. W 1356 osada przechodzi na własność miasta Koszalina. Wkrótce w osadzie koszalinianie budują składy towarowe dla kupców koszalińskich. Od tego czasu zaczyna się kariera portowa osady.
thumb|300px|left|Fragment mapy Lubiniusa z 1625 r.
Ciągła eksploatacja lasów porastających wydmy przyczyniła się do znacznego pogorszenia warunków żeglugowych po kanale łączącym jezioro z morzem, a co za tym idzie coraz mniejsze wykorzystanie portu w Czajczem. Po wielkim sztormie w 1552 roku korzystanie z kanału stało się praktycznie niemożliwe. W 1690 roku do kanału mogły już tylko wpływać niewielkie łodzie rybackie. Podejmowane próby oczyszczenia przesmyku przez koszalińskich kupców, a także chłopów z Jamna, Łabusza, Unieścia i Czajcza nastręczały ogromnych trudności. Dlatego też w 1801 wykopano nowy kanał w najwęższym odcinku mierzei, około 700 metrów na zachód od osady. Kanał przebiegał zygzakiem, miał około 500 metrów szerokości i był głęboki na ok. 3 metry.