Odmiennne od stanowiska Głównego Archeologa Kraju (GAK) postrzeganie przez niego, jako wykonawcy badań kontraktowych i jednocześnie ówczesnego członka Komitetu Nauk Pra- i Protohistorycznych PAN, kierującego Komisją ds. konserwatorstwa archeologicznego, roli służby konserwatorskiej w procesie nadzoru nad zasadami realizacji badań ratowniczych, spowodowało powstanie w latach 1997–1998 silnego konfliktu, który zakończył się likwidacją stanowiska GAK, usunięciem w 1999 ze stanowiska osoby pełniącej tę funkcję i przejęciem pełnej kontroli nad ratowniczymi wykopaliskami w całej Polsce przez Marka Gierlacha.
Lech Czerniak jest głównym wyrazicielem interesów środowiska archeologów zaangażowanych z ramienia wielkich instytucji naukowo-badawczych w proces ratowniczych badań archeologicznych na trasie wielkich inwestycji liniowych.
Lechowi Cz. w 2007 postawiono zarzuty dotyczące korumpowania urzędników mających wpływ na przyznawanie zleceń na badania archeologiczne przy budowie autostrad A1 i A2. W 2010 został uznany winnym i skazany na 2,5 roku więzienia (patrz Bibliografia).