O godzinie 23:35 oba samoloty zderzyły się nad miastem Überlingen (na granicy niemiecko-szwajcarskiej, nad Jeziorem Bodeńskim) - statecznik Boeinga przeciął kadłub Tupolewa na 2 części - i rozbiły o ziemię 2 minuty później. Śmierć ponieśli wszyscy na pokładach obu maszyn - 71 osób, z czego ponad połowę stanowiły dzieci.
Ofiary thumb|Pomnik ofiar wypadku w siedzibie firmy „Skyguide” Agencja organizująca wakacje dla dzieci z Ufy pomyliła moskiewskie lotniska, wskutek czego nie poleciały one do Barcelony planowanym przez nią rejsowym lotem. Dwa dni później wyczarterowano dla nich samolot zastępczy. Na pokładzie lecącego z Moskwy Tupolewa, poza załogą, przebywało 45 dzieci, kilkoro opiekunów oraz matka z córką i synem (zabrane przy okazji).
Ponieważ był to lot testowy dla rosyjskich pilotów, załoga Tu-154 wyjątkowo składała się z pięciu osób: kapitana, pierwszego oficera (nie pilotował), nawigatora, inżyniera pokładowego oraz głównego pilota Bashkirian Airlines (pełnił wtedy funkcje pierwszego oficera oraz oceniał prace kapitana).