W przededniu II wojny światowej miasto liczyło około 7300 mieszkańców.
W czasie II wojny światowej w Łapach Niemcy umiejscowili posterunek żandarmerii. Żandarmi brali udział w licznych pacyfikacjach okolicznych wsiJózef Fajkowski, Jan Religa, Zbrodnie hitlerowskie na wsi polskiej 1939-1945, Warszawa 1981, s. 42.. W lipcu 1941 Niemcy utworzyli w Łapach getto dla ludności żydowskiej. Przebywało w nim ok. 600 osób, które m.in. były zatrudniane w firmie Goltza. Ponadto do pracy w warsztatach kolejowych, przejętych przez administrację niemiecką pod nazwą Reichsbahnusbesserungswerk Lapy, dowożono codziennie pociągiem żydowskich robotników przymusowych z pobliskich Sokół, gdzie również znajdowało się getto. Podczas likwidacji getta 2 listopada 1942 (równocześnie z gettem w Sokołach) ok. 450 Żydów wywieziono do obozu przejściowego w Białymstoku. Około 100 osób zbiegłych z getta zamordowano w następnych dniach podczas obław w okolicach Łap.
W trakcie działań wojennych miejscowość została zniszczona w 80%.