Opactwo stało się z czasem jednym z najważniejszych miejsc kultu religijnego w Szkocji a także miejscem pielgrzymek. Pielgrzymki nasiliły się zwłaszcza po wydaniu przez papieża Innocentego IV w 1250 r. zezwolenia na kult relikwii królowej Małgorzaty Szkockiej, co było równoznaczne z jej kanonizacją. Pielgrzymki dały początek stałej przeprawie przez zatokę Firth of Forth do Dunfermline oraz St Andrews znanej jako Queensferry. Opactwo stało się też drugim po Ionie miejscem, w którym spoczywa najwięcej władców szkockich.
Podczas wojny o niepodległość Szkocji, w r. 1303 wojska króla Anglii Edwarda I zniszczyły większość zabudowań opactwa, oszczędzony został natomiast sam budynek kościoła. Stało się tak być może ze względu na pamięć św. Małgorzaty silnie powiązanej z benedyktyńskim porządkiem w Canterbury oraz z Rzymem. W tym samym czasie wojska angielskie były znacznie mniej łaskawe dla innych świątyń w przygranicznym obszarze.
Rok 1559 przyniósł Szkocji rewolucję religijną głoszoną przez Johna Knoxa, której towarzyszyło niszczenie obrazów. W maju 1560 r. opactwo zostało splądrowane, protestanci zniszczyli m.in. relikwie św. Małgorzaty. Oszczędzili natomiast nawę główną, która służyła jako kościół parafialny aż do XIX w.