mały|Ostatnie zdjęcie gen. Mariusza Zaruskiego po aresztowaniu przez NKWD mały|Grób Mariusza Zaruskiego w Chersoniu mały|Symboliczny grób gen. Mariusza Zaruskiego na Pęksowym Brzyzku w Zakopanem Zaruski zyskał uznanie w kręgach żeglarskich. Na jachcie „Zawisza” był otaczany szacunkiem, a pomimo jego nalegań, aby tytułować go kapitanem, młodzież zwracała się do niego „panie generale”.
Ostatni rejs na „Zawiszy Czarnym” Zaruski ukończył w 1939 roku. Generał świadomie zwlekał z wyruszeniem w przygotowany na sierpień 1939 roku kolejny rejs. Wierny swym zasadom, postanowił nie opuszczać ojczyzny w potrzebie, choć mógł uratować i siebie, i załogę, i statek.
II wojna światowa, aresztowanie i śmierć Od września 1939 roku 72-latek ukrywał się we Lwowie, używając fałszywych dokumentów na nazwisko Sidorowicz. Został aresztowany przez lwowskie NKWD w 1940 roku na skutek donosu jednego z oficerów polskich, który przez jakiś czas ukrywał się wspólnie z Zaruskim, a który postanowił ujawnić się przed sowieckimi władzami bezpieczeństwa. Zaruskiego oskarżono o to, że „był generałem byłej polskiej armii i od września 1939 roku do dnia aresztowania posługiwał się fałszywymi dokumentami, pragnąc ukryć swą poprzednią działalność”. Jako „element społecznie niebezpieczny” został skazany na pięć lat zesłania do Kraju Krasnojarskiego.