Pomimo tych wczesnych wykopalisk o osadzie wspominają dopiero pisma z okresu reformacji na archipelagu, około roku 1540.
W roku 1781 osada składała się z czterech mniejszych części: við Gjógvará, við Garð, í Toftum oraz á Áargarði, które najprawdopodobniej wcześniej były osobnymi gospodarstwami. Spośród około 5000 mieszkańców, jacy zamieszkiwali całe Wyspy Owcze w roku 1801, 128 było obecnych w FuglafjørðurHistoria gminy Fuglafjørður na jej oficjalnej stronie.. W około połowie XIX stulecia do miejscowości tej zostały włączone trzy okoliczne osady – á Trøðni, á Bakkanum oraz á Høvdanum. W roku 1901 w miejscowości mieszkało już 325 osób, a dwa lata później, 1 lipca 1903 roku założono jeden z najstarszych urzędów pocztowych na Wyspach Owczych„Urząd Pocztowy w Fuglafjørður” na oficjalnej stronie Poczty Wysp Owczych.. Jego siedziba mieściła się wtedy w starym domu zarządcy regionu Eysturoy.
Znaczny rozwój osady nastąpił na początku wieku XX, kiedy znacznie rozwinięto rybołówstwo i przetwórstwo rybne. W roku 1910 powstało tam regularne nabrzeże, gotowe do przyjmowania mnogiej ilości łodzi rybackich. Obecnie nadbrzeże to ma długość 800 metrów i skupiają się przy nim czołowe farerskie przedsiębiorstwa rybne, takie jak Vónin, czy produkujące mączkę rybną Havsbrun.