Wspólnie z koleżankami z reprezentacji była druga w sztafecie, jednak drużyna fińska została zdyskwalifikowana po wykryciu u Kuitunen skrobi etanolowejKuitunen Calls For Microchip Implants to Track Athletes . Nie odebrano jej medalu zdobytego w biegu łączony, została jednak zawieszona na dwa lata, straciła więc szanse na występ podczas igrzysk olimpijskich w Salt Lake City w 2002 roku.
Do rywalizacji powróciła w końcówce sezonu 2002/2003. W sześciu startach zawsze punktowała, w tym 11 marca 2003 roku w Drammen była trzecia w sprincie klasykiem, ulegając tylko Bente Skari i Niemce Manueli Henkel. Mimo niewielu startów w klasyfikacji generalnej zajęła 23. miejsce. Pod koniec lutego 2003 roku wystąpiła na mistrzostwach świata w Val di Fiemme. W swoim jedynym starcie była szesnasta w biegu łączonym na 10 km. Ponadto Finki z Kuitunen w składzie ponownie zajęły drugie miejsce w sztafecie, jednak podobnie jak dwa lata wcześniej zostały zdyskwalifikowane za doping (we krwi Kaisy Varis wykryto EPO)BBC Sport: Finnish skier fails drugs test . Przełom w karierze fińskiej biegaczki nastąpił w sezonie 2003/2004. Z 25 zawodów jednych nie ukończyła, a w trzech nie brała udziału, w pozostałych jednak zawsze punktowała.