Pracę w służbie państwowej rozpoczął we wrześniu 1919, jako referent nieetatowy w Ministerstwie Przemysłu i Handlu. Od 1920 pracował w Ministerstwie Pracy i Opieki Społecznej. W 1921 powierzono mu kierownictwo Wydziału Inspekcji, a od marca 1925 r. objął stanowisko naczelnika Wydziału Pracy i Walki z Bezrobociem. W tym samym roku wyjechał na kilka miesięcy do Francji, gdzie uczestniczył w pracach polsko-francuskiej komisji przygotowującej umowę o statusie polskich emigrantów zarobkowych we Francji.
W grudniu 1926 został naczelnikiem Wydziału Prawnego w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych – w tym czasie nawiązał bliższą współpracę z Kazimierzem Świtalskim, pełniącym funkcję szefa Departamentu Politycznego MSW. Po awansie Świtalskiego na stanowisko ministra wyznań religijnych i oświecenia publicznego (lipiec 1928), objął po Świtalskim kierownictwo departamentu politycznego MSW. Po otrzymaniu przez Kazimierza Świtalskiego funkcji premiera, został Szefem Gabinetu Prezesa Rady Ministrów (18 maja 1929).
18 lutego 1930 Jerzy Paciorkowski został mianowany wojewodą kieleckim. Urząd swój złożył w maju 1934. W latach 1934–1935 pełnił funkcję ministra pracy i opieki społecznej w rządach Leona Kozłowskiego i Walerego Sławka (do października 1935).