W 1472 r. nadano prawa miejskie miejscowości Vila Franca do Campo na wyspie São Miguel, będącej pierwszą stolicą tej wyspy. W 1478 r. prawa miejskie uzyskała Angra do Heroísmo, której zabytkowe centrum wpisane jest na listę światowego dziedzictwa UNESCO, podobnie jak krajobrazy winnic na pobliskiej wyspie Pico.
Rola strategiczna w XVI–XVII wieku mały|Mapa archipelagu z 1584 r. Położenie Azorów czyniło z archipelagu istotny punkt na szlakach międzykontynentalnych. W lutym 1493 r. podczas powrotu z pierwszej wyprawy do Ameryki wylądował tam Krzysztof Kolumb. Już od XV stulecia port w Angra do Heroísmo na Terceirze był „obowiązkowym portem zawinięcia” dla flot powracających do Europy z Afryki i Indii aż do epoki parowców.
22 października 1522 r. potężne trzęsienie ziemi i osuwiska zniszczyły niemal całkowicie Vila Franca do Campo. Wydarzenie to, opisane we współczesnych kronikach i potwierdzone badaniami archeologicznymi, pochłonęło według szacunków od 3 do 5 tysięcy ofiar.
W 1582 r. u wybrzeży São Miguel doszło do bitwy pod Ponta Delgada (znanej też jako bitwa pod Vila Franca do Campo), podczas której flota Álvara de Bazána pokonała siły sprzymierzone z Antonim de Crato.