Zasilanie śniegowo-deszczowe; zamarza w górnym biegu od listopada do maja, w dolnym od października do czerwca; wiosną tworzą się zatory lodowe. Duże wahania stanu wód (w środkowym biegu do 14 m, w dolnym do 18 m). Rocznie niesie około 12 milionów ton osadów.
Dopływy Główne dopływy Leny to: Wiluj (lewy); Witim, Olokma, Ałdan (prawe). Znaczna długość Leny pociąga za sobą wielkość jej zlewiska. Nie bez powodu w przeszłości była nazywana „Rzeką Tysiąca Dopływów” Dopływy o długości powyżej 100 km przedstawiono w poniższej tabeli.
thumb|Wiluj thumb|Witim thumb|Dorzecze Leny Rzeka Długość Pochodzenie hydrograficzne Odległość od ujściaWartość ta wskazuje odległość ujścia rzeki od ujścia Leny. Ėekit 313 km lewy 184 km Bësjuke 263 km prawy 296 km Uėl'-Siktjach 300 km prawy – Unguochtach 224 km prawy – Mołodo 556 km lewy 413 km Džardžan 352 km prawy 513 km Natara 187 km prawy 551 km Menkere 402 km prawy 603 km Motorčuna 423 km lewy 606 km Muna 715 km lewy 606 km Kjulenke 211 km lewy 620 km Choruonka 377 km lewy 696 km Soboloch-Majan 411 km prawy 700 km Ukunku 148 km prawy 703 km Begidžjan 262 km prawy 740 km Oručan 232 km prawy 818 km Undiulung 414 km prawy 820 km Taryn-Jurėch 105 km lewy 834 km Bachany 250 km lewy 835 km Iinnėėch 123 km prawy 918 km Kjundjudej 240 km prawy 921 km Bylachy 118 km prawy 954 km Linde 804 km lewy 985 km