Jednocześnie kierował działem chemii Państwowego Zakładu Higieny, przeniesionego tymczasowo do Łodzi. thumb|240px|Grób Ernesta Syma na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (marzec 2012)|upright=0.5 W październiku 1946 przeniósł się do Gdańska, gdzie do 1950 był profesorem chemii na dwóch uczelniach: Politechnice Gdańskiej (przejął kierownictwo Zakładu Chemii Spożywczej, stworzonego przez Wacława Szybalskiego) oraz na Wydziale Farmaceutycznym Akademii Lekarskiej). Był też kierownikiem działu naukowego Instytutu Medycyny Morskiej i TropikalnejOpis Instytutu Medycyny Morskiej, stworzonego przez prof. Jerzego Morzyckiego. W 1950 przeniósł się do Warszawy, by objąć utworzoną dla niego 5 maja 1950 Katedrę Chemii Ogólnej w Akademii Medycznej.

W 1950 otrzymał Państwową Nagrodę Naukową II stopnia w dziedzinie nauk lekarskich za prace z zakresu biochemii, ważne dla zwalczania gruźlicy.

Dwukrotnie żonaty. Po raz pierwszy z Marią z domu Lewińską, żołnierką AK, ps. Stasia, która poległa 6 września 1944 w czasie powstania warszawskiego;