Od roku 1943 członek Komitetu Narodowego Wolne Niemcy (Nationalkomitee Freies Deutschland), potem SED.

W 1945 wrócił do Niemiec, redagował w Halle Volkszeitung („Gazetę Ludową”), potem piastował kilka różnych funkcji politycznych, w latach 1946–1949 studiował na uniwersytecie robotniczo-chłopskim w tym mieście historię i filologię niemiecką, słuchał wykładów m.in. Waltera Markova. W 1950 promował się pracą poświęconą stosunkom polsko-niemieckich pt. Preußen und Polen im Schatten der Bürgerlichen Revolution.

thumb|F.H. Gentzen (z prawej) w rozmowie z prof. H. Zielińskim Od 1951 do 1956 pracował jako aspirant na uniwersytecie w Jenie, był tam wykładowcą w stopniu docenta mianowanego, zajmował się problematyką historii Polski i ZSRR. Interesował się m.in. zagadnieniami związanymi z powstaniem styczniowym, zbierał materiały w archiwach niemieckich i polskich do swojej rozprawy habilitacyjnej. Jego praca pt. Großpolen im Januaraufstand. Das Großherzogtum Posen 1858-1864, stała się później podstawą jego habilitacji na uniwersytecie w Lipsku. Objął tam w 1956 stanowisko docenta historii Polski w Instytucie Historii Krajów Demokracji Ludowej, a w 1960 uzyskał tytuł profesora.