28 lipca 1998 roku ukazał się drugi album zespołu, noszący tytuł Diabolical. W jego tworzeniu muzyków wsparł nowy perkusista Mattias Grahn. Po kolejnych zmianach personalnych w zespole i europejskiej trasie koncertowej u boku Deicide zespół nagrał minialbum Ex Inferis, który 19 sierpnia 2002 ukazał się nakładem Century Media Records.
24 marca 2004 został wydany czwarty album zespołu zatytułowany Sheol. Wydawnictwo ukazało się nakładem Century Media Records. Tuż po wydaniu płyty zespół opuścił jego założyciel Jens Rydén. Utworzył on własny projekt Profundi, a dwa lata później dołączył do Thyrfing.
20 czerwca 2005 roku został wydany czwarty album studyjny grupy, noszący tytuł Pariah. Kilka miesięcy po jego wydaniu, na przełomie lutego i marca 2006, grupa odbyła trasę koncertową z Dark Funeral i Endstille. W grudniu 2006 roku zespół zakończył nagrywanie albumu Harvest, który ukazał się 23 lutego 2007 roku nakładem Century Media Records. Jednocześnie muzycy ogłosili iż sesyjny basista Peter Morgan Lie dołączył na stałe do Naglfar.
W grudniu 2011 roku pojawiła się informacja, iż zespół ponownie wszedł do studia, celem nagrania kolejnego, szóstego już albumu studyjnego.