Takson ten bywał łączony w jeden gatunek ze świstunką kaukaską (S. nitidus), często także ze świstunką amurską (S. plumbeitarsus), ale rozdzielono je w oparciu o badania mitochondrialnego DNA. Obecnie wyróżnia się zwykle cztery podgatunki P. trochiloides: S. trochiloides viridanus (Blyth, 1843) – wójcik syberyjski – wschodnia Europa do środkowej Syberii i północno-zachodnich Chin. S. trochiloides ludlowi (Whistler, 1931) – północny Pakistan do północno-zachodnich Himalajów. S. trochiloides trochiloides (Sundevall, 1837) – wójcik himalajski – środkowe i wschodnie Himalaje do południowo-środkowych Chin. S. trochiloides obscuratus (Stresemann, 1929) – wójcik chiński – środkowe Chiny.
Ewolucja Na podstawie obserwacji populacji wójcika w Azji udokumentowano proces specjacji allopatrycznej. Dwie populacje wójcika w centralnej Syberii nie krzyżują się, połączone są jednak wąskim pasem mieszańców wokół Wyżyny Tybetańskiej. Tworzą więc tzw. gatunek pierścieniowy.