Przez następne trzy lata pracował naukowo w Rzymie. Ukończył tam w roku 1887 pracę Cimabue und Rom (Cimabue i Rzym), która kładła nacisk na bizantyjskie źródła prac włoskiego malarza. Po swoim pobycie w Rzymie podróżował do, między innymi, Salonik, Athos, Petersburga i Moskwy co wpłynęło na lepsze poznanie przez niego sztuki bizantyjskiej i rosyjskiej. W roku 1892 założył katedrę historii sztuki na Uniwersytecie w Grazu. W 1894 i 1895 pracował w Kairze nad wczesną sztuką bizantyjską, koptyjską i islamską Egiptu. Opracował i wydał katalog sztuki koptyjskiej w Muzeum w Kairze. Po powrocie rozpoczął okres intensywnej działalności naukowej, publikując liczne studia i artykuły o sztuce orientalnej, bizantyjskiej i islamskiej – tematyce, która była najmocniejszą stroną jego profilu badań.
Kulminacyjnym punktem tejże aktywności było opublikowanie przez Strzygowskiego jego pierwszej krytycznej pracy Orient oder Rom: Beiträge zur Geschichte der spätantiken und früchristlichen Kunst (Orient czy Rzym: wkład do historii sztuki późnego antyku i wczesnego chrześcijaństwa).