Wybuch II wojny światowej pokrzyżował te plany.

7 września 1939 Andrzej Bobkowski zgłosił się do Wojska Polskiego we Francji, ale nie został przyjęty. W tym czasie utrzymywał się z handlu. Założył też (jako „Bobkowski, Chlorcio i Spółka”) polską pralnię pod wezwaniem Ducha Świętego„Przegląd Polski” on-line (nowojorski tygodnik kulturalny). opisaną w zabawny sposób we wspomnieniach. W styczniu 1940 zamknął swój interes i podjął pracę we francuskiej fabryce amunicji jako robotnik. Wkrótce został jednak oddelegowany do pracy w Biurze Polskim – reprezentował interesy polskich robotników zatrudnionych we Francji.

W czerwcu 1940, tuż przed wejściem Niemców do Paryża, został ewakuowany na południe Francji. Większość podróży przemierzył na rowerze. Opis i przemyślenia podczas tej wędrówki stały się osią dzieła jego życia – dzienników Szkice piórkiemSzkice piórkiem, wyd. krajowe w 2007, .. Po klęsce Francji pracował w biurze likwidacyjnym swojej fabryki. Prowadził również tajną pomoc dla polskich robotników. Ponownie podjął pracę w Biurze Polskim przy Atelier de Construction de Chatillon w Paryżu. W latach 1945–1946 pracował w polskiej YMCA, podejmując się jednocześnie innych zajęć zarobkowych (przez krótki czas prowadził księgarnię polską oraz trudnił się naprawą rowerów).