W 1599 jeździł do Pragi w poselstwie do cesarza Rudolfa II. W 1600 podpisał uniwersał janowiecki. W młodości przeszedł z kalwinizmu na katolicyzm. Był protektorem jezuitów: ufundował kolegium jezuickie w Wałczu, uposażył kolegia w Sandomierzu i Lublinie. W Sandomierzu dokończył ponadto budowę kolegiaty. 7 października 1606 roku podpisał ugodę pod JanowcemAlexander Rembowski, Rokosz Zebrzydowskiego : materyały historyczne poprzedzone przedmową i rozprawą pod tytułem Konfederacya i rokosz w dawnem prawie państwowem polskiem, Warszawa 1893, s. 214..
Poseł na sejm 1611 roku z ziemi rawskiej, deputat izby poselskiej do sprawy brandenburskiejJanusz Byliński, Sejm z 1611 roku. W nowym opracowaniu., Wrocław 2016, s. 217..
Ożenił się z Zofią Tęczyńską, córką Andrzeja Tęczyńskiego, wojewody krakowskiego oraz Zofii Dembowskiej.
Na swoim zamku w Wilczyskach Jan Gostomski w okresie od 9 do 11 kwietnia 1617 r. podejmował parę królewską Zygmunta III Wazę i Konstancję Habsburżankę, odprowadzających królewicza Władysława Wazę na wyprawę moskiewską.