Składają się na nią odcinki: na rzece Elbląg – 10,38 km, na Zalewie Wiślanym – 10,18 km, w obrębie Mierzei Wiślanej wraz z portem zewnętrznym – 2,32 km.
Całe założenie początkowo zostało podzielone na 3 etapy realizacyjne, w skład których wchodzą m.in.:
Etap I: port osłonowy, kanał żeglugowy ze śluzą, układ drogowy w rejonie mierzei wraz z mostami obrotowymi, obiekty kubaturowe, w tym budynek kapitanatu, sztuczna wyspa.
Etap II: tor wodny na rzece Elbląg, most obrotowy w Nowakowie, droga powiatowa.
Etap III: tor wodny na Zalewie Wiślanym.
Od morskiej strony wejścia do kanału zaprojektowano port osłonowy, składający się z falochronów wschodniego (głównego) i zachodniego (ostrogi), obudowy brzegu w formie wygaszacza fal oraz nabrzeży postojowych zlokalizowanych przy zachodniej stronie wejścia do kanału żeglugowego.
Port osłonowy łączy się bezpośrednio z wejściem do właściwego kanału żeglugowego przez Mierzeję Wiślaną. Całkowita długość kanału wynosi 1536 metrów.