Wektory bakteriofagowe Bakteriofagi (fagi) są wirusami infekującymi bakterie w procesie transdukcji. Są zbudowane z DNA (rzadko z RNA) i ochraniającego płaszcza białkowego. W inżynierii genetycznej używa się głównie bakteriofagów λ i bakteriofagów M13 jako wektorów klonalnych. Główną zaletą bakteriofagów jest możliwość wklonowania większych fragmentów DNA niż do plazmidów, o długości do 25 kpz (w przypadku plazmidów jest to poniżej 10 kpz).
Bakteriofagi mogą wchodzić w cykl lityczny, kiedy to fag wprowadza swoje DNA do komórki bakterii, następuje jego replikacja, synteza białek kapsydowych, składanie nowych wirusów i uwalnianie ich powodujące lizę (śmierć) komórki bakteryjnej. Proces jest bardzo szybki, może trwać nawet mniej niż 20 minut. W cyklu lizogenicznym DNA faga jest włączane w genom bakteryjny. Nazywane jest wtedy profagiem, znajduje się w stanie wyciszonym i powiela się wraz z podziałami komórki (nawet przez tysiące podziałów). W końcu jednak profag jest uwalniany i następuje przejście do fazy litycznej. Cykl lizogeniczny jest charakterystyczny dla bakteriofaga λ, ale większość wektorów skonstruowanych na jego podstawie jest tak zmodyfkowanych, by wirus od razu wchodził w cykl lityczny.