Kiedy Rada Wydziału Filozoficznego Uniwersytetu Jagiellońskiego przywróciła mu uchwałą z 30 listopada 1934 veniam legendi przeniesioną na Uniwersytet Poznański, prowadził jako docent (były profesor zwyczajny (!)) wykłady z historii literatury bizantyjskiej w wymiarze 1 godziny tygodniowo. Po wyzwoleniu 30 października 1945, kiedy reaktywowano trzecią Katedrę Filologii Klasycznej profesor Sajdak wrócił na swoje dawne stanowisko. Niestety, po zamknięciu studiów filologii klasycznej w wyniku tzw. „rejonizacji” w r. 1952, prof. Sajdak zmuszony został do prowadzenia zajęć dla innych kierunków jako profesor kontraktowy. Jednak dekretem Prezydenta Krajowej Rady Narodowej z dnia 1 maja 1956 ponownie wrócił na dawne stanowisko. Na zasłużoną emeryturę przeszedł w r. 1960.

Jan Sajdak wniósł wkład do nauki głównie w dwóch dziedzinach: patrystyki i bizantynistyki. W tej pierwszej najwięcej publikacji poświęcił dziełu Grzegorza z Nazjanzu, poczynając od rozprawy doktorskiej poprzez artykuły publikowane podczas studiów za granicą po obszerną 340 stronicową pracę i rozprawę, nie licząc innych artykułów. Redagował od 1924 r. 20-tomowy cykl Pism ojców Kościoła w przekładzie polskim;