Przed kolejnym sezonem z nazwy klubu zniknął człon „Vitaminka”, a drużyna w rozgrywkach zajęła ponownie 4. miejsce. Dobra polityka kadrowa doprowadziła do zbudowania ciekawego zespołu, który był w stanie walczyć o najwyższe cele w Macedonii, i już w sezonie 1996/1997 Pobeda zdobyła wicemistrzostwo kraju. Sezon 1997/1998 nie był już tak dobry, gdyż klub ze środkowej Macedonii ukończył go na 5. miejscu, ale z bardzo nieznaczną stratą do miejsc premiujących grą w europejskich pucharach. W tymże sezonie Pobeda zagrała w Pucharze UEFA, gdzie przegrała w rundzie przedwstępnej z Odrą Wodzisław (0-3 i 2-1). Jednak w sezonie 1998/1999 „czerwoni” zajęli 3. miejsce, a kluczowym momentem była wyjazdowe zwycięstwo 2-1 nad Vardarem Skopje, rywalem do najniższego stopnia podium. Był to też udany rewanż za porażkę z Vardarem w ˝ finału Pucharu Macedonii. Sezon 1999/2000 przyniósł drugi w historii klubu tytuł wicemistrza kraju, wywalczony po nerwowej końcówce sezonu i zaciętej walce z Rabotniczki Skopje, nad którym Pobeda w końcowej tabeli miała zaledwie 2 punkty przewagi. W Pucharze Intertoto Pobeda wyeliminowała w I rundzie AS Trenčin (3-1 u siebie i 1-3 na wyjeździe, wygrana 4-3 w rzutach karnych), ale w drugiej minimalnie lepsza okazałą się AC Perugia (0-1 na wyjeździe i 0-0 u siebie).