I kadencja prezydencka Jako kandydat APRA wziął udział w wyborach prezydenckich w roku 1985. W I turze wyborów 14 kwietnia zdobył 45% głosów, pokonując kandydata Zjednoczonej Lewicy, Alfonso Barrantesa. Ponieważ żaden kandydat nie zdobył 50% głosów, niezbędne okazało się przeprowadzenie drugiej tury wyborów. Barrantes jednakże wycofał się z wyborów, wobec czego już 1 czerwca García został ogłoszony prezydentem elektem. 28 lipca 1985 objął urząd prezydenta. W wieku 36 lat był najmłodszym prezydentem w regionie, często nazywanym „Kennedym Ameryki Łacińskiej”. Przejął państwo w fatalnym stanie – w okresie kadencji jego poprzednika wzrosło bezrobocie, zadłużenie i inflacja. W tym czasie rozwinął się też handel narkotykami. W latach 1983–1984 doszło do poważnej fali strajków, równocześnie rozpoczęła się wojna domowa z partyzantami z organizacji Świetlisty Szlak. Program gospodarczy nowo utworzonego rządu Garcíi zakładał odejście od liberalnej polityki poprzedników i przywrócenie reform z okresu istnienia junty wojskowej lat 1968–1975.