Jednak ze względu na nieporozumienia z teściem Rej po roku 1540 zamieszkał w Krakowie, a dobrami chełmskimi zarządzała żona.
Przebywał u boku kalwinisty hetmana wielkiego koronnego Mikołaja Sieniawskiego, zetknął się z przedstawicielami reformacji i między rokiem 1541 a 1548 przeszedł na luteranizm, potem na kalwinizm i rozpoczął intensywną działalność religijną. 13 stycznia 1546 pożyczył on od związanej z Akademią Krakowską kolegiaty Św. Anny w Krakowie 600 zł na wyderkaf, obiecując za to czynsz 15 zł półrocznie i zabezpieczając go na swych wsiach Bobinie i Słonowicach wraz z kmieciami. Opieszałość Reja z wykonaniem obowiązków dłużnika ściągnęła na niego ekskomunikę, wydaną przez oficjała generalnego Piotra PorębskiegoZofia Kłosińska, Wacław Urban, Klątwy przeciwko Rejowi, Rocznik Muzeum Narodowego w Kielcach, Tom 10 (1977), s. 217.. Rej uczestniczył w synodach, zakładał w swoich dobrach zbory i szkoły. Toczył spory teologiczne i majątkowe z Kościołem katolickim.