Ten okres pomyślnego rozwoju miasta kończy się z początkiem lat dwudziestych XIII w., kiedy syn Tamary, Jerzy IV Lasza (1213–1223), odnosi pierwsze porażki w walce z nadciągającymi Mongołami (1221). W 1226 zajął Tbilisi szach chorezmijski Dżalal ad-Din Manguberti, pokonawszy uprzednio Gruzinów w bitwie pod Garni (1225). Jak przekazują kroniki, nakazał on zniszczyć katedrę Sioni i rozbić na jej miejscu namiot, z którego wydawał rozkazy. Na moście metechijskim rozłożono ikonę Matki Bożej, zmuszając mieszkańców miasta do jej deptania. Odmawiających uczynienia tego skracano o głowę i wrzucano do rzeki. W 1235 do granic Gruzji zbliżyli się Tatarzy. Na wieść o nadciągających napastnikach królowa Rudusan rozkazała podpalić Tbilisi, przenosząc swoją siedzibę do KutaisiБердзенишвили, Н. А./Дондуа, В. Д./Думбадзе, М. К./Кочарава, Ю. М./Меликишвили, Г. А./Месхина, Ш. А./Ратиани, П. К.: История Грузии, wyd. „Ганатлеба”, Tbilisi 1967, s. 96.. Wkrótce spalone miasto zajęte zostało bez bitwy przez najeźdźców. Nastąpił okres bezwzględnej eksploatacji ekonomicznej kraju, w wyniku którego praktycznie zamarły rolnictwo, rzemiosło i handel. Stolica Gruzji jest jednak w miarę możliwości odbudowywana ze zniszczeń. W połowie XIII w. odbudowany został pałac królewski, a w latach 1278–1289 cerkiew Matki Bożej Metechijskiej.