Międzynarodowe Biuro Hydrograficzne uznaje Cieśniny Duńskie za akwen odrębny od mórz, które łączą. W tym ujęciu granica Morza Bałtyckiego biegnie od punktu Falshöft w Nieby na Półwyspie Jutlandzkim (54°49'N, 9°57'E), a następnie dotyka wysp Ærø, Langeland, Lolland, Falster i Zelandia. Granica między Zelandią a Półwyspem Skandynawskim biegnie od Stevns do Falsterbo (55°23'N, 12°49'E). Międzynarodowa Rada Badań Morza (ICES) Skagerrak, Kattegat oraz Sund włącza do ekoregionu Greater North Sea, a mniejsze cieśniny duńskie do Baltic Sea. Powszechnie za granicę Bałtyku uznaje się jednak linię między Skagen (57°54'N, 10°38'E) a Marstrand (57°53'N, 11°34'E), przez co do Bałtyku włączone są Kattegat i mniejsze cieśniny duńskie, a nie jest włączony Skagerrak. Podobną granicę przyjmuje Komisja Ochrony Środowiska Morskiego Bałtyku, według której biegnie ona równoleżnikiem 57°44,43’N.
Morze Bałtyckie można podzielić na mniejsze jednostki naturalne lub wydzielone umownie dla celów administracyjnych (np. wyłączne strefy ekonomiczne i wody terytorialne) lub specjalnych (np.