Inny sposób klasyfikacji antygenów uwzględnia udział limfocytów T w rozwoju odpowiedzi odpornościowej na daną substancję. W takim układzie wyróżnia się: antygeny grasiczozależne, które wymagają udziału limfocytów T do wzbudzenia odpowiedzi antygeny grasiczoniezależne, niewymagające udziału limfocytów T w indukcji odpowiedzi.
Antygeny można także podzielić ze względu na liczbę epitopów na pojedynczej cząsteczce antygenu rozpoznawanych przez dane przeciwciało: antygeny monowalentne (jednowartościowe), zawierające tylko jeden epitop i wiążące się z pojedynczym paratopem antygeny poliwalentne (wielowartościowe), posiadające wiele epitopów.
Należy zauważyć, iż niektórzy autorzy pod pojęciem antygenów poliwalentnych rozumieją duże antygeny posiadające wielokrotnie powtarzający się identyczny epitop, natomiast antygen posiadający wiele różnych epitopów określany jest wówczas jako multiwalentny. Stosowana jest też nomenklatura, w której nie rozróżnia się multi- i poliwalentności, lecz wspomina się o antygenach multiwalentnych jednodeterminantowych (antygen z wieloma identycznymi epitopami) lub wielodeterminantowych (antygen z wieloma różnymi epitopami).